Tartarughe Ninja: Caos Mutante, film diretto da Jeff Rowe e Kyler Spears, racconta come i giovani fratelli Tartaruga, dopo aver trascorso diversi anni ad allenarsi nelle arti marziali, riemergano dal loro covo sotterraneo. Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo salgono in superficie dalle fogne per salvare la città di New York, minacciata da una banda di criminali, che detiene il controllo di ogni via e di ogni angolo della metropoli.
Grazie anche all'aiuto della loro nuova amica, Apirl O'Neil, i quattro fratelli useranno ogni loro abilità e dote per lottare contro i nemici, un esercito formato da mutanti, e poter mostrare così il loro valore da eroi a tutto il mondo.